肠易激综合征的治疗，主要是积极的寻找并去除突发性疾病发生的因素，以及对症治疗。要强调综合治疗和个体化治疗相结合的原则，所以一般的治疗需要详细的了解既往的病史，发现导致肠易激发生的因素，然后予以去除，要解除思想顾虑，提高对治疗的信心，是治疗最重要的一步。
患者要建立起良好的生活习惯，饮食上避免进食诱发肠易激综合征的食物，要避免产气的食物，比如大豆、乳制品等，可以适当进食高纤维的食物，有助于改善便秘。对于有失眠、焦虑的患者，还适当的可以给予镇静的药物。如果出现了相应的症状，可以采取相对应的药物来进行治疗。
如果有阵发性腹痛，可以给予胃肠解痉的药物，比如匹维溴铵。如果腹泻比较明显，可以口服洛哌丁胺、蒙脱石散来进行治疗。如果有明显的便秘，可以给予反泻剂来改善便秘的症状，比如乳果糖口服液、聚乙二醇电解质等。对于有抑郁症的患者，还可以给予抗抑郁的药物来进行治疗。此外，还可以口服肠道菌群药来调节肠道菌群，可以有效的缓解腹泻、腹痛、腹胀的症状。