侵袭性牙周炎的病因虽未完全明了，但某些高毒性的特定微生物感染，以及机体防御能力的缺陷，可能是引起本病的两个主要因素。国内外通过大量的研究表明，伴放线聚集杆菌是侵袭性牙周炎的主要致病细菌，以前伴放线聚集杆菌也称为伴放线放线杆菌，说明是主要病原菌的理论依据有以下几个：
1、从侵袭性牙周炎的患者的龈下菌斑中，伴放线聚集杆菌的检出率明显的高于慢性的牙周炎和健康牙，另外在复发的时候，该菌又重复出现。
2、伴放线聚集杆菌可以产生杀伤白细胞的外毒素和其他的毒性产物，造成牙周组织的损伤，另外还可以引发宿主的免疫反应。
除了细菌，还有全身的背景，有一些人存在家族的聚集性。