治扁平疣的药膏有重组人干扰素α-2b软膏、维A酸软膏、他扎罗汀软膏或者咪喹莫特软膏。或者应用中草药治疗比如马齿苋、板蓝根、紫草、木贼、香附、生薏米、红花、赤芍等煎水口服。用剩下的药渣再煎水并拿棉签蘸取，轻轻地外搽扁平疣患处，直到搽到微红为止，其治疗效果都很好。扁平疣主要由于病毒感染引起，属于人类乳头瘤病毒感染，所以应避免搔抓引起同行反应而加重皮疹。