如果得了颌骨骨髓炎，可以应用全身抗生素控制感染，临床上常用的有头孢类的抗生素加上甲硝唑类的药物。临床上常用的头孢类的药物有头孢唑林钠、头孢甲肟、头孢克肟、头孢哌酮、头孢曲松等等，甲硝唑类的药物临床上常用的有甲硝唑、奥硝唑、替硝唑。除了进行全身抗炎治疗以外，还应该根据病因进行治疗。
最常引起中央性颌骨骨髓炎的是牙齿的急性根尖周围炎，所以应该钻开牙齿，让根尖周围的脓性分泌物通过牙齿引流到口腔当中。如果病变波及范围比较大，可以拔除病灶中心的已经松动的牙齿，这样可以引流更加充分，让骨髓腔内的脓汁充分引流出来，从而控制炎症。如果是由智齿冠周炎引起的边缘性的颌骨骨髓炎，需要进行智齿冠周盲袋冲洗、脓肿切开，达到下颌角附近的骨皮质，建立通畅的引流。如果是慢性的骨髓炎，需要进行手术。