对于治疗灰指甲的药物，口服药物有特比萘芬、伊曲康唑和氟康唑，外用药物有特比萘芬酊、阿莫罗芬搽剂、环吡酮搽剂等。灰指甲也称为甲真菌病，是指真菌感染甲板或甲下引起的疾病，甲真菌病由于甲板角化，药物不易透入，一直是治疗的难点。
近年来由于唑类药物、丙烯胺类药物的问世，甲真菌病的治疗有了很大的进展，甲真菌病的治疗可以口服、外用药物，手指甲和脚趾甲的生长速度不同，完全替换一个新的指甲，手指甲需要100天，而脚趾甲大约要300天，所以治疗灰指甲必须要有耐心，口服药物适于多个指甲病变，可以口服特比萘芬、伊曲康唑或氟康唑，口服药物治疗可以治愈80%以上的甲真菌病。由于这类药物必须达到真菌所寄生的甲板处才能发挥抗菌作用，用药量大，用药时间长，应定期监测药物不良反应。甲真菌病的治疗除了口服药物之外还可以配合外用药物治疗，目前常用的有特比萘芬酊、阿莫罗芬搽剂、环吡酮搽剂等局部涂抹。