浅表的肛门脓肿主要表现是肛门周围的持续性疼痛，表现为胀痛，在坐立、行走或排便时加重。深部脓肿伴有会阴或腰骶部的胀痛，脓肿较大会出现发热、寒颤、乏力等全身症状。
根据肛周脓肿出现的位置不同，症状也有不同。肛周皮下脓肿主要症状是肛周的持续性疼痛，排便、咳嗽、下坐、受压时疼痛加重，发热、厌食等全身症状较轻。
坐骨直肠窝脓肿主要表现为肛门外侧巨大红肿，疼痛剧烈，排便和行走时加重，坐立不安，多伴有发热、乏力、食欲不振等全身症状。肛提肌上脓肿的脓肿位置较深，局部症状较轻，全身症状偏重。
直肠黏膜下脓肿常表现为肛门疼痛、里急后重或排尿困难，脓肿破溃时有脓液自肛门流出。