精神发育迟缓，目前还有很多病因找不到，比较明确的包括有遗传方面的异常、基因方面的异常、染色体的异常、基因的突变、遗传代谢性的疾病、二十一三体、苯丙酮尿症，都是属于遗传方面的问题。
还有在母亲妊娠期间受到有害物质的影响，比如病毒感染，会影响到孩子大脑的发育。另外受到放射线的照射、有害的药物、环境的毒素也可以。
此外像胎盘脐带的异常也会影响到孩子大脑的发育，比如脐带细、脐带扭转、胎盘发育不良，都可能会给孩子造成大脑供氧不足，影响到孩子脑发育。还有脐带绕颈、母亲的妊高症，都会引起孩子大脑的缺氧。
还有产时的问题，分娩过程中出现难产，也会造成孩子的缺氧，也会对大脑造成损伤。在生后像大脑炎、颅脑的外伤都会对大脑造成损伤，从而影响孩子智力的发展。