甲硝唑软膏主要的作用是能够对抗厌氧菌，能够杀灭厌氧菌，比如面部的毛囊蠕形螨和阴道毛滴虫等，都可以有较好的治疗作用。临床上主要用来治疗像酒渣鼻、痤疮、疥疮，也可以用来辅助治疗阴道滴虫感染、外阴炎等。
甲硝唑凝胶治疗痤疮，也可以联合夫西地酸乳膏、克林霉素凝胶等效果会更好。甲硝唑凝胶治疗酒渣鼻有较好的疗效，可以选择使用，甲硝唑一般一天两次外用于患处，个别人用后可能会有一些刺激，最开始涂抹的时候先小面积试用，适应之后再扩大面积使用。