儿童甲状舌骨囊肿的手术过程，是一个比较专业的问题，给普通的人只能做一个大概的解释，因为是手术的过程。手术过程主要是要切除甲状舌骨囊肿，以及与它相连的这个舌骨的中段，以及穿过舌骨中段以后的瘘管。因为瘘管是通向舌盲孔，跟舌根相通，和本身的病理也有相关性的，所以要切除的是这么大的一个范围。
在早期的时候，可能对这个疾病认识还不够，如果只切除囊肿很容易复发，所以后来逐渐认识到这个疾病不单单是一个囊肿，还是有一个瘘管。所以要切除这个穿过舌骨中段的瘘管，以及穿过舌骨中段以后后面的这个瘘管，通向舌盲孔的这个瘘管都要给它切除。
因此，这个手术方式是这么演变过来，就是说要切除这个囊肿以及舌骨中段，穿过这个舌骨中段以后的通向舌盲空的瘘管要一起全部切除，以防止复发。