宫颈囊肿是在子宫颈转化区内的鳞状上皮取代柱状上皮的过程中，有新生的鳞状上皮覆盖了宫颈管腺口，或者深入到了腺管内，将腺管口阻塞了，所以导致腺体分泌物引流不畅，就有囊液潴留，导致形成了囊肿，在临床上也称为宫颈腺纳氏囊肿，如宫颈局部损伤、宫颈慢性炎症、腺管口狭窄，也容易导致宫颈腺囊肿的形成。
对于比较表浅的宫颈腺囊肿，通过妇科检查，可以看到在宫颈表面有突出的单个或多个青白色小囊泡，很容易诊断。一般宫颈腺囊肿不需要做特殊处理，对于深部的宫颈腺囊肿，在宫颈表面没有异常，有时表现为宫颈肥大，此时应该与宫颈腺癌相鉴别。