生殖器疱疹首次临床发作，治疗方案可以用阿昔洛韦，每日5次口服，连用7-10天；或者泛昔洛韦，每日3次，连用7-10天；或者伐昔洛韦每次，每日2次，用7-10天，如果10天后仍没有完全愈合，疗程可适当延长。
对于频繁复发的患者，每年发作在6次以上，可以采用每日抑制疗法，每日抑制疗法可以使复发率减少75%以上，用法是阿昔洛韦，每日2次口服；或者泛昔洛韦，每日2次口服；或者伐昔洛韦，每日1次口服。
对于严重的感染也可以用干扰素，每周肌肉注射1-2次。同时，局部可以外用干扰素凝胶、喷昔洛韦软膏等药物。