男性生殖道支原体感染，通常临床上部分患者，没有任何的临床症状。50%左右的患者会出现尿道炎的相关临床表现，包括尿道的瘙痒、疼痛不适，或伴有排尿的刺激症状，如尿频、尿急、尿痛，或有稀薄的分泌物。对于作为一种有可能会通过性传播的感染，在临床上可以通过实验室的检查来进行判断，包括支原体的培养，以及血清学或者分子生物学的方法。
对于支原体的临床治疗，如果单纯检出支原体而没有临床症状，可以进行随诊的观察，但如果合并有生殖道的炎症，这种情况需要进行相应的治疗，包括可以采用抗生素进行治疗，可以根据经验选择大环内酯类药物，如阿奇霉素、红霉素、美满霉素等药物来进行治疗，也可以根据药敏的结果，来选择适宜的治疗方案。