灰指甲实际上是一个俗称，正确的术语应该叫做甲真菌病，甲真菌病是由于浅部的真菌导致的指甲改变，最常见的当然还是皮肤癣菌，其他的酵母菌或者是念珠菌也有可能引起甲的感染。
一般来说分为全甲破坏型、白色浅表型、远端侧位型，或者是近端甲下型等，对于不同类型的甲真菌病来说，选择的治疗方式不太一样，对于比较轻型的或者点状的，在远端的甲真菌感染，一般可以选择外用的药物，譬如可以选择30%的冰醋酸溶液，可以选择特比萘芬、阿莫罗芬、环吡酮胺这类的软膏或者是擦剂，来进行局部的外涂。
对于近端甲下或者是侧位型受损的患者，一般建议口服药物，可以单独口服药物进行治疗，或者是把口服和外用联合治疗。一般来说足指甲可能需要连续3-4个月的疗程，手指甲大概需要2-3个月的疗程，每一个患者要根据指甲恢复的情况决定最终治疗的时长，不能一刀切，不能一概而论。