小肠镜在临床上还没有具体的实物发明，但是作为小肠镜的检查盲区，目前随着科学技术的进步，出现了胶囊性胃镜。这些胃镜在吞入胃腔以后，会随着胃肠道蠕动而自然进入小肠。在整个行进过程中，胶囊胃镜会对周围的影像进行录影和观察，在取出胶囊胃镜以后，医生会在计算机操作帮助之下，寻找小肠内是否出现了相关病变。
由于小肠镜有一定的使用限制，尤其是对肠梗阻的患者，小肠镜是不适当的，因此对于小肠的基本诊断，有时候小肠镜并不能够达到理想的治疗效果。因此，对于小肠疾病，大多还是依靠影像学检查以及相应临床症状来进行初步判断。