枯草杆菌二联活菌是肠道的益生菌，没有明显的副作用。服用时间根据孩子的病情，没有固定的时间，以孩子症状好转为准。
枯草杆菌二联活菌颗粒，主要用于因为肠道菌群失调引起的腹泻、便秘、胀气、消化不良的治疗，是儿童的专用药品，在孩子吃完奶以后或者吃完饭以后可以给孩子服用。用40℃以下的温开水或者牛奶冲服，水不要太高的温度，也可以直接服用。在服用时要注意宝宝的情况，如果宝宝身体健康没有出现腹胀、腹泻异常的情况，不建议服用。如果孩子出了腹胀、腹泻、消化不良的情况，持续时间比较长，可以适当延长服用的时间。如果孩子症状明显好转，没有腹胀、腹泻的情况可以及时停止服用。
枯草杆菌二联活菌颗粒是非处方药，但要在医生的指导下给婴儿服用药物，服用时应注意避免呛咳，不满3岁的婴幼儿不宜直接服用，注意儿童必须在成人监护下使用。