湿毒清胶囊属于非处方类中成药，按照说明书推荐的剂量和疗程辨证合理使用比较安全，患者大都耐受性良好，副作用较小。个别患者服药后会出现轻度腹泻、恶心、呕吐等不良反应，一般症状较为轻微，停药后症状就可以消失。
对于出现胃肠道不良反应的患者，或者平时脾胃功能较弱的患者，可以饭后服用，有助于减轻或改善症状。还有极少数患者，服药后会出现皮疹、瘙痒等不良反应，对此药过敏者禁用。过量或者长期服用会增加不良反应发生的频率和程度，因此不可擅自更改服药的剂量和疗程，以免对身体造成伤害。服药七天症状无缓解，应去医院就诊。