肛窦炎又叫肛隐窝炎，如果不及时治疗会诱发肛门周围多种疾病，肛窦炎的治疗分为急性期治疗和慢性期治疗。
急性期可以应用抗生素以及局部的消肿止痛的中药灌肠、熏洗坐浴治疗，也可以应用一些消肿止痛的栓剂如复方角菜酸酯栓、马应龙麝香痔疮栓、肛泰栓等纳肛治疗。而如果急性期出现了肛窦的脓肿，需要进行手术治疗，可以使用肛窦切开引流术。
慢性期肛窦炎可以应用消肿止痛的中药，进行灌肠及熏洗坐浴治疗，也可以应用上述的栓剂纳肛治疗，同时也可以应用手术治疗，用肛窦的搔刮术来进行治疗。