肛周脓肿手术一般需要住院一周左右，根据患者病情严重程度、脓腔大小，可以适当延长住院时间。肛周脓肿基本上选择进行脓肿切开排脓、脓肿挂线手术两种，若疼痛比较明显，可能需要急诊手术，即刚入院时将一系列检查完善后，立即安排手术治疗，有些患者是在第二天做手术。
不管是何时做手术，在手术结束后，需要继续对伤口进行换药，继续抗感染治疗，必要时需清除伤口内部的坏死组织，并填塞纱条引流等，还需要继续用抗生素进行抗感染治疗。大约等到术后一周，伤口炎症逐渐消退，伤口也逐渐缩小，伤口内部新鲜的肉芽组织出现生长，此时就可以考虑出院。如果患者脓腔范围比较小，一般在一周或十天左右就可以安排出院。但如果脓腔范围比较大，需要继续换药，可能要适当推迟出院时间。