胎儿先天性心脏病的原因非常复杂，到目前为止没有完全研究清楚，最常见的原因有遗传因素还有环境因素。比如与心血管畸形相关性较强的环境因素有早期的宫内感染，包括风疹病毒的感染、流行性感冒的感染、腮腺炎病毒的感染、柯萨奇病毒感染，还有一部分和孕母和大量接触放射线有关系。也与孕母口服特殊药物有关系，比如抗癌药物、抗癫痫药物、降糖药物等等。还和孕母有一些特殊的代谢性紊乱性疾病有关，比如糖尿病、高钙血症等等。如果孕母有酗酒、吸食毒品等也有关。总体而言先天性心脏病病因非常复杂，不是几个原因能解释清楚。