生殖器疱疹复发要使用抗疱疹病毒的药物治疗，内服药包括阿昔洛韦、伐昔洛韦、更昔洛韦等，这些都有效，一般越早服用效果越好，通常是连服一周左右即可控制症状。
另外还有局部外用药物，包括阿昔洛韦软膏、喷昔洛韦乳膏或者干扰素凝胶，也能够特异性的抑制疱疹病毒复制，促进疱疹痊愈。生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染所引起，病毒往往在局部神经节内潜伏，很难被彻底清除，当机体免疫力下降的时候就会复发。所以在治疗上，一方面时抗病毒，另一方面就是要注意休息，保证良好的免疫力。如果反复发作频繁，可以考虑较长时间的坚持一段抗病毒药物内服或者加用免疫调节药物，比如胸腺肽、转移因子等。