噬血细胞综合征预后比较差，通常很难治愈，只能够缓解症状。原发性的嗜血细胞综合征一般只能通过异基因骨髓移植来达到治愈，只用化疗等方式很难治愈。如果是继发性的嗜血细胞综合征，先要控制原发疾病例如恶性肿瘤或者严重的感染，原发疾病控制后才有可能让嗜血细胞综合征的症状缓解，甚至是达到治愈的程度。噬血细胞综合征一般继发于比较严重的感染或者恶性肿瘤，因此很难治愈，而且它的起病比较急，症状比较凶险，会出现明显的出血以及贫血、感染等多种情况，所以在病程中的死亡率非常高。