扁桃体肥大切除一般不会有后遗症，扁桃体肥大会影响呼吸，导致打鼾，甚至引起睡眠呼吸暂停综合征。引起临床的一系列症状，造成病人缺氧、白天困倦，以及心脑血管的慢性疾病，这种情况必须做扁桃体手术。
切除后睡眠打鼾的症状能明显的缓解，术后极少数人会出现出血、感染，术后瘢痕形成的情况非常少见，且术中和术后都有相对应的治疗措施。