小儿脑炎的治疗，可以因感染不同的病原体，而治疗方案不同。脑炎和脑膜炎可以由不同的病原体引起，除了细菌之外，还有结核分枝杆菌、病毒、真菌，这些病原体都可以引起脑炎、脑膜炎，它们的临床特点十分相似。临床上要明确诊断引起脑炎的病原体是什么，具体针对病原体进行有效的抗感染治疗才最重要。
如果是疱疹病毒脑炎，可以给予阿昔洛韦治疗。甲型流感病毒引起的脑炎，可以使用奥司他韦，其他的病毒性脑炎可以酌情使用干扰素。如果是细菌性脑膜炎，需要选择对细菌敏感，且容易透过血-脑屏障，并且在脑脊液中有较高浓度的抗生素。其他的对症治疗，包括降颅压、及时控制惊厥发作，以及维持体内水电解质、血浆渗透压、酸碱平衡等等，重症脑炎还需要适当应用肾上腺皮质激素。