大肠埃希菌所引起尿路感染为最常见的尿路感染，如果是下尿路感染，通常采用口服药物治疗，短程疗法即可，一线治疗常采用磷霉素、呋喃妥因、头孢菌素三代、左氧氟沙星等。如果大肠埃希菌耐药率低于20%，也可以首选复方新诺明或甲氧苄氨嘧啶。如果是非复杂性尿路感染，大多数人使用3-5天的疗程就可以治愈。
如果是大肠埃希菌导致的上尿路感染，一般会有腰痛、发热等全身症状。首选静脉抗生素治疗，常用有氟喹诺酮类，比如左氧氟沙星、环丙沙星莫西沙星，以及三代头孢菌素，比如头孢噻肟、头孢曲松，氨基糖苷类比如依替米星。通常静脉治疗5-7日，等到体温正常，症状明显缓解，可再改为口服药物巩固2-4周。治疗期间患者要注意多饮水、好好休息，不要吃辛辣、刺激食物，治疗期间也避免同房。