盐酸小檗碱的主要成分是小檗碱，小檗碱也叫黄连素，是从中药黄连中分离出来的一种生物碱，是黄连抗菌作用的主要成分。
小檗碱具有抗细菌的效果，对一般的细菌只有微弱的抑菌作用，但是对痢疾杆菌、大肠杆菌引起的肠道感染有比较好的抗菌作用。
因此基于抗菌作用，这个药物主要是用于肠道感染，比如胃肠炎。在使用的时候需要注意，药物的不良反应比较少，偶尔可见恶心、呕吐、皮疹、药热，停药之后通常是可以消失的，对于有溶血性贫血的患者禁止使用这个药物。
另外如果患者出现了服药过量或者是严重的不良反应，需要立即就医，孕期的前三个月是不推荐使用这个药物的。
总之，盐酸小檗碱是具有抗菌活性的药物，主要对痢疾杆菌、大肠杆菌有比较好的抗菌作用，因此这个药物主要是用于肠道感染。