骨筋膜室综合征晚期并发症有酸中毒、肌红蛋白尿、高钾血症、急性肾衰竭。主要发病机制是肌肉缺血、坏死和肾缺血、坏死，肌肉缺血、坏死导致筋膜间室内组织压力升高，形成恶性循环，肌肉、神经及小血管发生缺血、坏死，血浆丢失，筋膜间室内钾离子、肌红蛋白释出，酸性代谢产物及有毒物质大量释放。
进入全身循环中，致血液pH值降低，尿液酸性化，促使肌红蛋白沉淀，阻塞肾小管而发生急性肾衰竭。肾缺血和坏死是创伤后引起周身应激状态下反射性血管痉挛的全身反应，最终导致肾缺血与坏死。