肛裂的严重程度不同，治疗原则不同。急性肛裂以保守疗法为主，止痛、止血，防止出现疼痛恶性循环。慢性肛裂、陈旧性肛裂以手术治疗为主，彻底消除肛裂的病因，即加剧疼痛的因素。保守治疗方法为保持大便柔软、通畅，防止便秘，多吃蔬菜、水果，增加饮水，可口服缓泻剂润肠通便。局部温水坐浴，可松弛肛门括约肌，改善局部血液循环，减轻疼痛，清洁伤口，以利于创口愈合。局部药物治疗有以下几种：
一、止痛类麻醉药，如利多卡因凝胶、非甾体类抗炎药物，可以减轻疼痛症状。
二、促裂口愈合类，比如痔疮膏、重组人表皮生长因子等。
三、0.2%的硝酸甘油膏涂于肛裂患处，具有抑制神经递质而起松弛平滑肌、扩张血管的作用，可使内括约肌松弛，肛管压力下降，改善局部血液循环。
对经久不愈、保守治疗无效的慢性肛裂、陈旧性肛裂，可以采用手术治疗。