艾滋病和尖锐湿疣都是性传播疾病，感染人群有交集，故艾滋病和尖锐湿疣比较容易合并感染。在尖锐湿疣的患者中，应该定期进行HIV(艾滋病病毒)抗体筛查，以及时发现患有HIV感染，艾滋病和尖锐湿疣治疗时要同时治疗。
艾滋病患者若没有进入到艾滋病期，主要就是抗病毒治疗，治疗目标是长期、持久抑制HIV复制，使免疫功能重建和维持免疫功能，减少艾滋病感染及非艾滋病的发病率。目前还没有能够完全根治HIV的有效药物，普遍认为艾滋病是不可以治愈的疾病，但如果能够通过有效、积极、及早进行抗病毒治疗，可以帮助HIV感染者延缓疾病的进程。治疗尖锐湿疣目的，主要是尽早清除肉眼可见的疣体，改善可能已有症状，并减少复发。尖锐湿疣治疗时可以采取药物治疗，如外用咪喹莫特乳膏，或者采取物理治疗，如冷冻治疗、激光治疗、电离子治疗、微波治疗等，还可以采取手术治疗。