胃炎、十二指肠炎吃的药物选择比较多，如存在幽门螺杆菌的感染，需要使用含铋剂的四联两周疗法根除幽门螺杆菌，可以使用一种质子泵抑制剂，如奥美拉唑、兰索拉唑等，联合阿莫西林、克拉霉素、甲硝唑、呋喃唑酮，四种抗生素中的两种，和枸橼酸铋钾或者果胶铋组成四联疗法。
如果患者存在有反酸、嗳气、烧心、腹胀等等症状，还需要使用质子泵抑制剂或者H2受体拮抗剂，抑制胃酸的分泌，使用莫沙必利等促进胃动力，铝碳酸镁等等保护胃黏膜，综合治疗。