米非司酮用于49天以内的宫内妊娠药物流产，一般是在第一天和第二天服用，大多数患者用药后不会出现什么反应，少数患者可能会有恶心、呕吐、头晕、阴道流血或少量血块。一般在第三天服用米索前列醇药物后2-6个小时内开始出现宫缩、腹痛和阴道流血的情况，大部分患者会排出妊娠囊组织，即绒毛膜样组织，80%的患者药物流产会成功。
虽然药物流产的副作用小，但是也会出现流产不全的问题，药流后一周内到医院做B超检查，看看是否有宫腔残留，如果有宫腔残留，需要及时做清宫手术，用药后3-4个周查血HCG，降到5μg/L以下即为正常。