核磁共振可以检查出全身很多疾病，比如做头部的核磁共振检查可以判断患者是否有先天性的发育畸形，是否有脑血管的病变，比如脑出血、脑梗塞、蛛网膜下腔出血、颅内的动静脉畸形等，在还可以检查颅内是否有占位性病变以及感染性病变。
在做脊柱的核磁共振检查时可以判断颈椎、腰椎等是否有椎间盘的突出，是否有神经和血管的受压，是否有脊髓的占位性病变等。在做腹部脏器的检查时可以判断腹部的占位性病变以及炎症性病变，在做骨骼系统的检查时可以判断肌肉、脂肪、血管、神经等软组织病变的情况。此外核磁共振还可以用于检查小器官以及血管，还适合于孕中晚期胎儿的检查。