对于垂体囊肿的患者来说，手术过程中最大的手术风险是术中可能会有意外情况，造成大出血，从而严重的威胁患者生命。手术后有可能会造成脑脊液鼻漏以及皮下积血、积液，伤口愈合不良，出现颅内感染等情况发生。另外在手术后有可能会造成各种合并症和并发症，术后出现严重的水电解质紊乱。手术过程中如果损伤到了下丘脑，导致患者术后出现尿崩症以及中枢性高热，内分泌紊乱，严重时会导致水电解质紊乱，表现为低钾血症、高钠血症、高氯血症。在手术过程中无法做到手术完整切除，术后容易出现复发。