对于慢性萎缩性胃炎的治疗，各大医院治疗方案都是大同小异的。首先多以饮食为主，尽可能地以清淡的食物，少吃肥腻、辛辣刺激的食物，改善生活方式，多注意锻炼身体，这是作为治疗胃炎的前提。
其次给予药物治疗，常用的有促进肠胃动力的药物，比如莫沙必利胶囊、气滞胃痛颗粒以及改善黏膜修复的药物，比如康复新液、麦滋林，或者给予修复萎缩性胃炎的药物，比如摩罗丹、胃复春或者给予胃羔羊提取物维生素B12治疗，以解决萎缩性胃炎导致的一些恶化的情况，或者是发生肠上皮化生而加重，而引起恶性病变的发生。
对于萎缩性胃炎，还需要完善幽门螺旋杆菌的监测，如果有阳性的，需要抗幽门螺旋杆菌药物治疗。