手足口病普通型的病例，早期就是轻微的呼吸道感染症状，可以有咳嗽、流鼻涕、食欲不振、恶心、呕吐、头疼等症状。有一半的病人在发病前的1-2天，或者发病的同时会有发热，多数在38℃左右。患儿的手、足、口、以及臀部四个部位，出现了斑丘疹和疱疹，皮疹的特点是不疼、不痒、不结痂、不落疤。疱疹的周围可以有一些炎性的红晕，疱液较少。
手足口病的病损在同一个患者不一定全部出现，水疱和皮疹通常在一周内消退。对于重症的病例可以出现神经系统的受累，呼吸以及循环障碍等表现，有的手足口病临床表现的患者会有肌阵挛或者脑炎、急性自发性麻痹、心肺衰竭、神经源性水肿等。手足口病流行地区婴儿虽然没有手足口病的症状，但是出现有发热，伴有肌阵挛脑炎或者急性弛缓性麻痹、心肺衰竭、肾见液性水肿的少数病例，特别是的婴儿期感染的患儿，病情凶险，甚至可以致死亡或者留有后遗症。