两只眼睛看到的颜色不一样，被称作双眼有色差，可以由许多疾病造成，常见的有以下几种：
第一种情况，是由于双眼晶状体的密度不一致引起的，晶状体作为眼球内部屈光间质最重要的结构，密度不同就会导致双眼看到的颜色不一样。从出生之后晶状体逐渐随着年龄增长，密度逐渐增高，由透明变成黄褐色，当两只眼睛晶状体密度增高不对称时，就会出现色差。
第二种情况，是由于黄斑病变引起的，视网膜黄斑区主要负责感受精细视觉与颜色，一旦出现的单眼的黄斑病变，必然会造成双眼色差，通常颜色变淡的眼睛是出现病变的眼睛。
第三种情况，是由于玻璃体出血引起的。少量玻璃体出血会使眼睛屈光间质变成淡红色，从而使发病的眼睛看到的景物颜色偏红，引起双眼色差。