肛管直肠癌的病人，如果在诊断的时候病人仍然处在早期阶段，没有周围淋巴结转移，也没有远处器官转移情况，此时应该进行积极的根治性手术切除治疗，而在术后根据病理回报的结果。可以选择进行术后辅助化疗和辅助放疗，通过这样综合的治疗方式能够进一步延长肛管直肠癌病人的生存期，提高肛管直肠癌病人的治愈机会。
如果肛管直肠癌在发现的时候就已经不能进行手术切除，或者早期肛管直肠癌病人在手术治疗之后又出现复发和转移的情况，此时病人就只能采用全身的治疗方式。比如化疗、化疗联合靶向药物治疗。通过保守的治疗手段来控制病情的发展速度，延长病人的生存时间。