脑脓肿不能自行消下去，因为脑脓肿通常为感染性因素引起，感染致病菌没有消除，脓肿就不会自主吸收。如果长期不进行治疗，还会导致脑损伤、癫痫、脑膜炎、反复颅内感染等并发症，甚至会危及生命，因此，患者在确诊为脑脓肿以后，一定要及时进行治疗。
患者如果是轻度的感染，主要是进行保守治疗，比如抗真菌或者是抗生素类的药物进行治疗，还可以通过糖皮质激素、利尿剂降低脑水肿，促进脓肿的消退。如果药物治疗没有效果或者是比较严重的脑脓肿，可进行手术治疗。