神经系统的多种疾病都可以通过磁共振平扫来检查，譬如脑梗死，可以通过核磁共振的弥散加权成像，发现早期脑梗死。还有脑出血，在核磁共振上不同时期有不同的表现。神经系统的感染性疾病，比如单纯疱疹病毒性脑炎、脑膜炎等，这些疾病都可以通过磁共振的平扫来诊断和鉴别。神经系统的脱髓鞘疾病，譬如多发性硬化、视神经脊髓炎，也离不开磁共振的平扫。
磁共振的平扫对一些特殊疾病，譬如前庭阵发症等，也可以通过特殊的序列，比如薄层的平扫，这些都有助于对这个疾病的检查。磁共振的优点是不需要通过射线，所以对辐射有特殊要求的人群，也适合进行检查。