新生儿腹泻可分为感染性腹泻和非感染性腹泻，感染性腹泻又称肠炎，可由多种细菌、病毒、真菌及寄生虫引起，感染源可由孕母阴道、经被污染的乳品、水、乳头、食具等直接进入消化道，或者由带菌者传染，病原微生物也可由全身性感染或其他脏器感染性疾病经过血行、淋巴或邻近的组织蔓延进入肠道。
有些病毒可通过呼吸道感染患儿，由于新生儿的胃酸和消化液分泌不完善，细胞免疫和体液免疫不完善，肠道缺乏分泌型IgA，防御感染的功能低下，故易患感染性腹泻。
非感染性腹泻常见有牛奶过敏、蛋白过敏、乳糖不耐受继发双糖不耐受、葡萄糖及半乳糖不耐受，部分为常染色体隐性遗传病，临床发病率较低。如果长期腹泻伴有体重不增、脱水，一般状态较差，考虑是否有常染色体隐性遗传病。一些免疫缺陷病也会引起腹泻，因此需鉴别患儿为感染性腹泻，还是非感染性腹泻。