不典型川崎病和川崎病在病情严重程度上并没有什么区别，只是不典型川崎病的诊断要求更高，因为其症状出现的比较少，往往依赖于超声学上对冠状动脉病变的判断。
不典型川崎病的诊断相对于典型川崎病会较迟，可能治疗就会有延误，特别是丙种球蛋白的使用可能会拖后，有时由于诊治上的延误，可能会导致冠脉病变发生率高。如果诊治没有延误，不典型川崎病和川崎病的治疗、危重程度、预后、并发症等，目前在统计学上没有差异。