由于目前还没有专门针对手足口病病毒特效的抗病毒药物，所以手足口病的治疗主要是对症治疗。如果孩子伴有发热，这时候积极测量孩子的体温，如果孩子的体温不超过38.5℃，可以先选择物理降温。如果孩子的体温超过38.5℃，可以口服布洛芬或者是对乙酰氨基酚类的退烧药。
如果孩子由于口腔疼痛而难以进食，需要及时给予静脉补液，维持孩子水和电解质以及营养代谢的平衡。此外，人们也有认为干扰素雾化或者是局部喷雾，在发病最初24-48小时之内对于抑制手足口病病毒有一定的功效和作用，手足口病一般在一周左右可以自然愈合。