如果是由于长期使用抗生素导致的肠炎，一般治疗上要停止目前使用的抗生素。
同时做粪便细菌培养加药敏试验，根据药敏结果选取敏感的抗生素进行治疗，要给予一些增强免疫力药物，加强患者饮食结构调整，避免真菌感染。
一定要找到原发疾病进行控制，高烧的可以给予退热药物，如果有其他疾病的要找到病因，针对病因进行局部处理。
如果由于抗生素长期大量使用导致的肠炎，建议还是到正规专科医院完善相关检查，明确诊断后再给予及时、有效的对症处理。