卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位性囊肿，如果行手术治疗，术后的复发率比较高，预防的方法如下：
第一、妊娠，因为妊娠对子宫和卵巢均有保护的作用，怀孕期间卵巢不排卵，子宫不就来月经，所以巧克力囊肿复发也就很低。
第二、给予短效口服避孕药，该药的治疗目的也是为了预防卵巢的排卵，从而引起月经的改变。
第三、可以应用GnRHa来抑制下丘脑-垂体-卵巢轴，从而避免月经的来潮，也叫假绝经疗法。
所以预防巧克力囊肿复发要根据患者的需求，如需要计划妊娠，还是调整月经以及为了预防单纯的预防复发来决定选择哪一种预防的方法。