脊髓灰质炎活疫苗糖丸的副作用一般常见有发热，这种发热一般是低中度热，体温一般不会超过38.5℃，持续的时间不会超过48-72个小时，这种情况我们可以不用药物治疗，给孩子进行物理降温就可以。
个别孩子还会伴有腹泻，腹泻的次数不是很多，没有明显的脱水症状，严格控制饮食之后，腹泻2-3天可以自行缓解。还有一部分孩子可以伴有烦躁、易激惹、呕吐、皮疹、寒战、无力、容易疲劳、肌肉疼痛以及关节疼痛。极少数的孩子可以出现感觉的异常，比如刺痛感、四肢麻木、局部麻痹、轻度的瘫痪、神经炎或者脊髓炎，也有极少数的孩子会出现脊髓灰质炎疫苗相关病例。