灰指甲外涂盐酸特比萘芬乳膏治疗效果不好，灰指甲的学名为甲真菌病，是真菌感染甲板或甲下引起的疾病，甲真菌病由于甲板的角化，药物不易透入，一直是治疗的难点，外用抗真菌的药膏由于不能透入甲板，治疗效果不理想。
近年来由于唑类药物、丙烯胺类药物的问世，甲真菌病的治疗有了很大的进展。甲真菌病的治疗可以口服药物，配合具有渗透作用的药物治疗，取得比较好的疗效。手指甲和脚趾甲的生长速度不同，完全替换新的指甲，手指甲需要100天，而脚趾甲则需要300天，所以治疗甲真菌病必须要有耐心。口服药物适用于多个指甲的病变，常口服特比萘芬、伊曲康唑或氟康唑，可以治愈80%以上的甲真菌病。由于药物必须要达到真菌所寄生的甲板处才能发挥抗菌作用，用药量大，用药时间长，患者应定期监测药物的不良反应，也可以配合具有渗透作用的抗真菌外用药，例如像特比萘芬酊、阿莫罗芬甲搽剂、环吡酮搽剂等。