卵巢囊肿会不会影响生育，要根据卵巢囊肿的大小，并且要根据卵巢囊肿的性质来进行判断。例如卵巢囊肿已经超过四公分，并且已经影响到卵巢功能，造成月经不调，会影响排卵，会影响生育的功能。所以要尽快选择手术，恢复正常的卵巢功能。例如存在有巧克力囊肿，并且卵巢囊肿非常大，在五公分左右。由于它复发的几率比较大，属于子宫内膜移位症而引起的囊肿，同样，在手术之后，会影响排卵，影响怀孕的几率。所以在进行手术之后，尽可能通过短效的避孕药物来进行调理，或者注射戈舍瑞林来进行调理，避免不孕的几率发生，而影响正常的生育功能。