蛔虫的并发症，主要是由于蛔虫在各个脏器内移行而造成各脏器损伤所导致。蛔虫成虫钻入胆管、胰腺、阑尾及肝脏等脏器，或幼虫移行至肺、眼、脑及脊髓等器官可以引起相应的异位病变，并可导致严重的并发症。蛔虫病多无明显的临床症状，少数有腹痛与脐周压痛，不定时地反复发作，严重感染者有食欲减退、体重下降、贫血等。
蛔虫致肠梗阻常可以出现阵发性腹部绞痛、呕吐、停止排气、排便，可随粪便排除蛔虫。蛔虫离开寄生的部位至其他脏器引起相应病变及临床表现称为异位蛔虫病。除了常见的胆道蛔虫病、胰管蛔虫病、阑尾蛔虫病外，蛔虫还可穿入脑、眼、耳鼻喉、气管、支气管、胸腔、腹腔、泌尿生殖道等，蛔虫某些分泌物作用于神经系统，可以引起头痛、失眠、智力发育障碍等，严重者可以出现癫痫、脑膜刺激征，甚至昏迷。