做根管治疗后牙齿还出现疼痛，有可能是出现了残髓炎。由于每个人有个体差异，所以有的人根管系统解剖学上非常复杂，既有主根管，也有侧枝根管、副根管，所以在拔髓的时候，往往不能将全部的牙髓去除干净，残存的牙髓受到细菌的机械性刺激，以及药物的化学刺激，均可以导致炎症反应。
这时患牙可以出现叩痛，咬合痛或者伸长感。也有可能是出现神经肿胀，牙髓神经和其他神经末梢一样，切断以后断端可以发生神经肿胀，这种神经肿胀可以产生自发性的兴奋，通常情况下不产生疼痛，但如果在强的机械刺激后可以产生疼痛。也有可能是当根尖周围组织，受到根管充填材料、胆固醇结晶以及食物残渣等，异物刺激，会产生异物反应，出现疼痛。