男性真菌性龟头炎，通常治疗主要是抗真菌的药膏进行外用。对于比较严重的真菌性龟头炎，甚至可以采用口服的酮康唑、氟康唑等药物进行治疗，同时要注意生活方式的改变，清洗内衣裤，避免内衣跟袜子一起洗。
对于存在包皮过长、包茎的男性，要进行定期清洗，同时要对包皮垢进行彻底清除，防止细菌、真菌的继发性感染。对于反复的感染，治疗效果不佳患者，甚至出现包皮的皲裂、缩窄情况，可能要在专业医生指导下来进行包皮环切术。