器质性阳痿指的是阴茎的疾病，由神经性、血管性、内分泌性，以及一些全身性疾病所引起的勃起功能障碍，区别于精神、心理因素而导致的勃起功能障碍。内分泌引起的勃起功能障碍，有性腺功能减退、糖尿病、甲状腺疾病、高泌乳素血症等。神经性勃起功能障碍有脑血管意外、帕金森病、外伤、手术，或者是周围神经病变影响到与勃起有关的神经。
血管性原因有动脉粥样硬化、动脉损伤、动脉狭窄、静脉瘘等，全身性疾病包括冠心病、高血压、肺气肿、肺功能不全、慢性肾衰竭、肝功能不全、肾上腺疾病、糖尿病等原因。另外，年龄的增长，长期的吸烟、酗酒，服用抗肿瘤药物或者是一些麻醉药品等，都可能导致不同程度的勃起功能障碍。